- Εισαγωγή στους Αλγόριθμους (σε έναν τόμο), T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest, C. Stein, Πανεπιστημιακές Εκδόσεις Κρήτης, 2012
- Σχεδιασμός Αλγορίθμων, J. Kleinberg, E. Tardos, Εκδόσεις Κλειδάριθμος ΕΠΕ, 2009
- Αλγόριθμοι, S. Dasgupta, C. Papadimitriou, U. Vazirani, Εκδόσεις Κλειδάριθμος ΕΠΕ, 2009
- Αλγόριθμοι και Πολυπλοκότητα, Ε. Ζάχος, Σημειώσεις, Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, 2007
- Αλγόριθμοι, Π. Μποζάνης, Εκδόσεις Α. Τζιολα & Υιοί Α. Ε., 2006
- Ανάλυση και σχεδίαση αλγορίθμων, L. Anany, Εκδόσεις Α. Τζιολα & Υιοί Α. Ε., 2008
- The design and Analysis of Computer Algorithms, A. Aho, J. Hopcroft, J. Ullman. Addison-Wesley Publishing Company, 1974.
- Computers and Intractability: A Guide to the Theory of NP-Completeness, M. Garey, D. Johnson. W. H. Freeman and Company, 1979
- Θεωρία Γραφημάτων, Α. Παπαϊωάννου, Σημειώσεις, Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, 2010.
- Θεωρία και Αλγόριθμοι Γράφων, Ι. Μανωλόπουλος, Α. Παπαδόπουλος, Κ. Τσίχλας, Εκδόσεις Νέων Τεχνολογιών Μον. ΕΠΕ, 2013.
- Εισαγωγή στους γράφους, Λ. Κυρούσης, Χ. Μπούρας, Π. Σπυράκης, Γ. Σταματίου, Εκδόσεις Γ. Δαρδάνος - Κ. Δαρδάνος Ο. Ε., 1999.
- Εισαγωγή στους Αλγόριθμους Βιοπληροφορικής, N. C. Jones, P. A. Pevzner, Εκδόσεις Κλειδάριθμος ΕΠΕ, 2010.
- Ανάλυση Βιολογικών Αλληλουχιών, R. Durbin, S. R. Eddy, A. Krogh, Gr. Mitchison, Επιστ. Επιμ. Γ. Εμίρης, Εκδόσεις Πεδίο Α. Ε., 2015.
- Αλγόριθμοι στη Δομική Βιοπληροφορική, Γ. Εμίρης, Σημειώσεις, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, 2015.